При создании библиотечного элемента без ссылок создайте библиотечный элемент без размеров или взаимосвязей с базовой деталью.
Вместо использования ссылок для расположения библиотечного элемента в модели, отредактируйте эскиз библиотечного элемента и разместите этот эскиз по отношению к модели.