Для удаления пустых групп при импорте можно использовать дополнительное свойство IORemoveEmptyGroupsAfterOcclusion.
Это дополнительное свойство удаляет пустые группы из дерева сборок при наличии пустых групп в результате процесса окклюзии при импорте. По умолчанию этот флажок установлен.
См. Справка Composer: Дополнительные свойства.