Você pode usar a propriedade avançada IORemoveEmptyGroupsAfterOcclusion para remover grupos vazios durante a importação.
Esta propriedade avançada remove grupos vazios da árvore de montagem caso existam grupos vazios resultantes do processo de oclusão realizado durante a importação. Essa opção é selecionada por padrão.
Consulte Ajuda do Composer: Propriedades avançadas.