Копирование стандартного содержимого Toolbox из одной папки в другую не влияет на назначение автокрепежей. Для каждого стандарта отверстия автокрепежи можно назначать повторно.
Назначение автокрепежа будет сохранено, если вырезать содержимое Toolbox и вставить его в другую папку Toolbox.