Você pode usar a propriedade do documento avançado IODeleteEmptyGroups para especificar que os grupos que estariam vazios na árvore de montagem após a importação sejam removidos durante o processo de importação.
Disponível em SOLIDWORKS Composer e SOLIDWORKS Composer Sync.
Consulte Gerenciar propriedades do documento (padrão) > Propriedades avançadas ou Sincronizar > Gerenciar propriedades padrão do documento > Propriedades avançadas na Ajuda do Composer.