В окне PropertyManager Объединить для операции Вычесть можно сделать основное тело прозрачным. Это помогает выбрать тела меньшего размера, которые полностью погружены в основное тело.
Нажмите . В окне PropertyManager в разделе Тип операции выберите Вычесть и в меню Основное тело нажмите Сделать основное тело прозрачным.